Druhý díl otomovské trilogie našeho hrdinu zastihuje poté, co rozpustil skupinu Ground-Zero.
Po zániku Ground-Zero vhupnul Otomo do „postsamplingového“ období. Minimalizoval význam i výraz; vyprázdnil paměťovou kapacitu samplerů, submisívní drážky gramodesek nahradil syrovým povrchem gramofonového talíře nebo činelů, a sem tam hrává dokonce i na „akustické gramofony“. Více než o mimohudební pluralitní realitu se začal zajímat o „zvuky ve stavu zrodu“, zvuky jako procesuální stávání, jejich zdánlivě asémantické charakteristiky i vedlejší účinky, jež jsou výsledkem elektronického generování, tzn. šumy, praskoty, feedbacky, zkraty apod. Rozuměl si zejména se Sachiko M, s níž vytvořil duo Filament a angažoval ji též v triu I. S. O. (s Yoshimitsu Ichiraku) a mnoha dalších příležitostných projektech. Ve srovnání s GZ byla poetika těchto seskupení umírněná, minimalistická, hodně tichá. V Japonsku i zahraničí se jí začalo říkat onkyo, což je spíš estetická kategorie odkazující na polyvalenci zvuku, než homogenní styl nebo trend. Ke konci starého tisíciletí se Otomovo hudební myšlení výrazně proměnilo, rázné střihy a překvapivé juxtapozice ustoupily dlouhým lineárním zvukovým procesům, často na hraně slyšitelnosti. Zatímco on obsluhoval gramofony, kytaru a elektroniku rozvážnými a opatrnými gesty, Sachiko M, jeho nejčastější spoluhráčka, trpělivě spřádala lyrické elektronické haiku ze sinusových vln a feedbacků. Zmatená a znetvořená paměť jakoby procházela regenerující očistou. Nová estetika prohloubila Otomův instrumentální vztah ke kytaře a gramofonům a hráčsky ho sblížila se staršími generacemi improvizátorů a experimentátorů (Keith Rowe, Jon Rose, Steve Beresford, Günter Müller, aj.), vyznavači nové „komprovizační“ filozofie (Sugimoto Taku, Franz Hautzinger, Christian Fennesz, Mats Gustafsson, Axel Dörner, aj.), a samozřejmě s dalšími průkopníky turntablismu a dekonstruktivní zvukotvorby (Martin Tétrault, od něhož Otomo převzal hraní na gramofonu bez desek; virtuóz na mixážní pult bez vstupů Toshimaru Nakamura). S nimi a mnoha dalšími muzikanty nahrál desítky alb a jeho diskografie začínala být značně rozsáhlá a nepřehledná.
Minimalistický a dekonstrukční přístup ke zvukům záhy pronikl i do Otomovy tvorby pro film. Od roku 1993, kdy zkomponoval svůj první filmový soundtrack k celovečernímu snímku čínského režiséra Tiana Zhuangzhuanga Modrý drak, vysoce ceněnému příspěvku k umělecké reflexi kulturní revoluce, se z Otoma stal vyhledávaný autor filmové hudby. Psal pro žánrově rozdílné filmy, převážně japonských a hongkongských režisérů, ve většině z nich však svůj zvukový komentář minimalizoval (instrumentačně i časově), což se stalo poznávacím znakem jeho filmové poetiky. Oč byla paleta jeho hudebního jazyka skromnější, o to působivější byly zvukové obrazy, které na ní míchal. Ve srovnání s vlastní „volnou hudbou“, jako skladatel filmové hudby je mnohem tradičnější a narativnější, s neobvyklým respektem ke kinematografické syntaxi.
V roce 2002 natočil Otomo společně se Sachiko M a kytaristou Sugimotem Taku soundtrack k legendárnímu snímku francouzské nové vlny Les hautes solitudes (1974). Černobílá biografická „romance“ s rozpačitou narací a warholovsky nezúčastněnou kamerou, v níž excelovala Jean Sebergová a několikrát se mihla i zpěvačka Nico, byla úplně neozvučená, což byl podle režiséra Philippa Garella nápad hlavní představitelky, která hrála samu sebe. V Otomově „imaginárním soundtracku“ tudíž účinkuje v hlavní roli zvuk projektoru, jež je „na scéně“ nepřetržitě. Otomovy gramofony, sinusové vlny Sachiko M a Sugimotova kytara ilustrují kolem něj němé filmové obrazy. Hudba je stejně minimalistická jako její filmová předloha, odvíjí se v abstraktních sukcesích, jejichž směrování řídí nahodile se tvářící kinematografický telos.
Dva měsíce po nahrání Les hautes solitudes účinkoval Otomo v Soulu s místním duem Park Je Chun (perkuse) a Mi Yean (klavír). Výsledkem jejich setkání byl další důležitý album v jeho diskografii Loose Community (Uvolněná společnost; 2013). Po návratu do Tokia Otomo do původní živé nahrávky citlivě domíchal party Güntera Müllera (bicí, elektronika), Yumiko Tanaky (šamišen) a Sachiko M (sinusové vlny), čímž se obsazení rozrostlo na sexteto. Zvláštní zvuková syntax, temporální organizace formy, a vůbec improvizační vokabulář korejské nekonvenční hudby, s níž se Otomo seznámil několik let předtím, však Loose Community zůstala. Byl to další impuls, jež v jeho tvorbě fúzoval s onkyo postupy japonské aktuální hudby a rodícím se intenzivním zájmem o jazz. Ten kulminoval začátkem nového tisíciletí, kdy Otomo založil hned několik jazzových formací: Otomo Yoshihide’s New Jazz Quintet (ONJQ), Otomo Yoshihide’s New Jazz Ensemble (ONJE), Otomo Yoshihide’s New Jazz Orchestra (ONJO) a Otomo Yoshihide’s New Jazz Trio (ONJT). Jejich víceméně ustálené obsazení tvořili převážně prominenti japonské jazzové scény, ale často s nimi hrával německý saxofonista Alfred Harth a někdy i americký kytarista Jim O’Rourke. Z muzikantského hlediska byla pozoruhodná též dvě seskupení, jež vytvořil s bubeníkem Yasuhirem Yoshigakim: Emergency! (OY, YY, Hiroaki Mizutani – basa, Ryoichi Saito – kytara) a Soup (OY, YY, Bill Laswell – basa, Akira Sakata – saxofon). A několikrát si zahrál i s legendou japonského jazzu, klavíristou Yosuke Yamashitou, čímž si splnil jinošský sen.
Otomův obrat k jazzu sotva překvapil ty, kteří sledují jeho tvorbu od začátků. Dle vlastních slov byl posedlý jazzem již jako středoškolák, když ho objevil ve fukušimských jazzových kavárnách. Freejazzové standardy, zejména od Alberta Aylera a Ornetta Colemana, se sporadicky objevovaly v repertoáru jeho souborů i příležitostných seskupení. Kultová jazzová elpíčka tvořila neodmyslitelnou část jeho dýdžejského vokabuláře a reference na jazz, zvukové i konceptuální, byly přítomné i v těch nejextrémnějších polohách. Nebyl to tudíž ani tak obrat, a už vůbec ne návrat k něčemu známému a ověřenému, spíše se jednalo o rekontextualizační posun. Otomovi nešlo o kopírování či napodobování, nesáhl po jazzu se záměrem využít a juxtaponovat jeho idiomy v rámci eklektické estetiky (jak to dělal v 80. letech John Zorn), či testovat jeho komunikační potenciál v nových kontextech (jako Zorn v projektu Masada) a v podstatě s jazzem ani příliš neexperimentoval. Jenom rozvinul vlastní naléhavou potřebu komunikativnějšího muzikantského vyjádření, kterou mu vnukla zkušenost, a originálním způsobem při tom uplatnil pověstnou japonskou důslednost. A hlavně toužil více hrát na kytaru, což je u jeho generace, bez ohledu na kulturní příslušnost, málem antropologická konstanta.
Jako autor a kapelník Otomo navázal na odkaz Erika Dolphyho, který již na začátku 60. let dokázal smysluplně spojit davisovské lineární rozvíjení tradice s colemanovským radikalismem, aniž by ublížil modernímu jazzu neadekvátními kompromisy a vzdálil ho tradici. Otomo ve svých vlastních kompozicích nezapře vliv raného Ornetta Colemana, jako aranžér se neštítí evansovsky experimentovat s neobvyklými nástrojovými kombinacemi, včetně zvukových efektů a sinusových vln. Jako kytarista kombinuje rozdílné interpretační přístupy svých vzorů Dereka Baileyho a Keitha Rowea. Když k tomu všemu přidáme background insitního samouka v japonských postindustriálních reáliích, neutichající hledačský duch, schopnost objevovat inspirační zdroje prakticky kdekoli a neobvyklé hudebně-improvizační postupy, dostaneme poetický guláš, genealogicky podobný všem přelomovým fúzím v historii jazzu. Otomova jazzová poloha je originální nejenom z hlediska kontextu, ale právě díky organickému propojení jazzu s jinými hudebními fenomény. Na rozdíl třeba od Anthonyho Braxtona, dalšího z jeho oblíbenců, který ve svých tradičnějších projektech odvrací vlastní avantgardní tvář a striktně rozlišuje mezi nekompromisními konceptuálními kompozicemi a improvizacemi na známá jazzová témata, Otomo je míň kategorický, což je zřejmé i z rozdílných přístupů obou mistrů k hudebnímu dědictví.
Více a naléhavěji než v hudbě jiných autorů se v té Otomově ukázaly polarity „hluk – ticho“ a „kompozice – improvizace“ jako naprosto irelevantní. Nejdůležitější je metoda, tj. svobodný přístup ke zvukům, na nichž je pro něj stěžejní jejich textura. To vysvětluje, proč Otomo s takovou lehkostí a bez jakýchkoliv zábran střídá ve své tvorbě extrémní polohy, přechází od noisu k onkyo, nedělá rozdíl mezi pozvolnou syntaxí jazzové (a jiné) improvizace a synchronní noisovou idiomatikou nebo apropriační estetikou ambientní hudby. Spojuje je právě to „free“, přívlastek který můžeme bez okolků přiradit ke kterékoli z jeho mnoha poloh, aniž bychom museli brát ohledy na zaužívané žánrové taxonomie. Vedou ho k tomu zcela jiné pohnutky, než třeba stejně přelétavého Johna Zorna. Zatímco Zorn vyznává herezi a pluralitu jako poetické principy adekvátní naší tekuté době, Otomo se všemi možnými prostředky snaží dopátrat esence zvuku, dospět k jeho zrodu a dál ovládat jeho procesuální existenci. Chce splynout se zvukem a jeho zdrojem. Zkrátka, stát se gramofonem, kytarou, zvukem, v deluzovsko-guattariovském významu stávání se. Dokazuje to i šestnáctičlenný Otomo Yoshihide’s Portable Orchestra, který v roce 2001 příležitostně sestavil v slavném tokijském hudebním klubu Off Site z japonských experimentálních hudebníků, aby s nimi předvedl kontrolovanou improvizaci, strukturovanou výlučně ze zvuků přenosných domácích spotřebičů (rádií, mixérů, mobilních telefonů, vrtaček, sušičů na vlasy, elektrických nůžek, atd.), jež obsluhovali dle instrukcí pana kapelníka místo svých původních nástrojů. Nikoli s futuristickou nostalgií, nýbrž se záměrem manifestovat aktuální stav hudebního myšlení, odmítající apriorní definice hudebních zvuků. Snad nejnázornějším vstupem do Otomovy dekonstruktivní filozofie zvuku a velkorysé estetiky instrumentace je dvojdisk Multiple Otomo (Asphodel; 2007), zejména jeho DVD část, která obsahuje 30 audiovizuálních miniatur, na nichž se spoluautorsky podíleli vizuální umělci Masako Tanaka, Tim Digulla a Michelle Silva. Jejich indexové názvy jasně odkazují na autoreferenční a procesuální přístup ke zvukům.